Ofiary przywożono do Treblinki pociągami, które zatrzymywały się przy bocznicy kolejowej w tzw. strefie przyjęć (Auffanglager). Warunki transportu powodowały ogromną śmiertelność wśród Żydów, zwłaszcza w miesiącach letnich 1942 roku. Z tego powodu na skraju strefy przyjęć, nieopodal południowo-zachodniego narożnika ogrodzenia, wykopano kilka masowych grobów o ogromnych rozmiarach, w których grzebane były zwłoki wyciągnięte z wagonów. W pierwszych tygodniach funkcjonowania obozu komory gazowe nie nadążały z likwidacją przybywających wciąż transportów, stąd część ofiar rozstrzeliwano jeszcze w strefie przyjęć, a ich ciała grzebano we wspomnianych mogiłach. Trafiały tam również zwłoki zmarłych i zamordowanych więźniów obozu. Po pewnym czasie trupy zaczęto palić w dołach wraz ze śmieciami oraz przedmiotami uznanymi przez Niemców za bezwartościowe.
Na przełomie sierpnia i września 1942 roku miała miejsce reorganizacja obozu, w wyniku której proces eksterminacji został znacznie usprawniony. Wkrótce wybudowano także nowe, bardziej „wydajne” komory gazowe. Na skutek tych działań zmniejszył się m.in. czas oczekiwania transportów na stacjach pośrednich, a masowe groby w strefie przyjęć stały się mniej przydatne.