W 1986 roku mauzoleum przekształcono więc w oddział Muzeum Regionalnego w Siedlcach, zmieniając jednocześnie jego nazwę na Muzeum Walki i Męczeństwa w Treblince.
W latach 80. i 90. XX wieku muzeum borykało się z brakiem funduszy. W 1999 roku wiata przeciwdeszczowa została z przyczyn technicznych wyłączona z eksploatacji; dwa lata później przeprowadzono jej rozbiórkę. Dopiero w 2010 roku w Treblince powstał w pełni funkcjonalny budynek muzealny wraz z zapleczem konferencyjnym. W tym okresie wykonano także kilka innych inwestycji mających na celu poprawę muzealnej infrastruktury.
2 sierpnia 2013 roku, w 70. rocznicę powstania w obozie zagłady, wmurowany został kamień węgielny pod Centrum Edukacji o Zagładzie Żydów w Treblince. W 2018 roku muzeum stało się samodzielną samorządową instytucją kultury pod nazwą „Muzeum Treblinka. Niemiecki nazistowski obóz zagłady i obóz pracy (1941–1944)”.
Muzeum thumb|Makieta obozu zagłady thumb|Fragmenty macew wykorzystanych do budowy „Czarnej Drogi” Muzeum zarządza obszarem o powierzchni 132,64 ha. Na terenie tym znajdują się: były obóz zagłady były karny obóz pracy kopalnia żwiru, w której pracowali więźniowie obozu pracy miejsce straceń w lesie w pobliżu obozu pracy „Czarna Droga” łącząca oba obozy