Historia naturalna Mięsak pęcherzykowy cechuje się powolnym, podstępnym wzrostem. Zwykle w momencie rozpoznania guz osiąga ponad 10 cm. Mięsak pęcherzykowy wykazuje wysoką zdolność do tworzenia przerzutów i u 80% chorych w różnych etapach choroby pojawia się rozsiew. Pomimo powolnego wzrostu występuje tendencja do pojawiania się przerzutów już we wczesnym etapie rozwoju guza, i one nierzadko stanowią pierwszy objaw tej choroby. Z drugiej strony przerzuty mogą ujawnić się dopiero po kilku latach od radykalnego leczenia. Najczęstszą lokalizacją przerzutów są płuca, typowo zmiany wtórne prezentują się jako bardzo liczne, niepoliczalne drobne zmiany. Rzadziej pojawiają się one w mózgu i kośćcu, a przerzuty do węzłów chłonnych są rzadkie. Przerzuty do mózgu są charakterystyczną cechą mięsaka pęcherzykowego, występują one trzykrotnie częściej niż w innych mięsakach tkanek miękkich.