Sytuację zmieniła klęska margrabiego Badenii-Durlach Jerzego Fryderyka w bitwie pod Wimpfen w 1622 r. Syn pokonanego przez wojska cesarskie protestanckiego księcia z Durlach został zmuszony do oddania Wilhelmowi dóbr należących niegdyś do jego ojca, a także do rekompensaty wszelkich strat, jakie zostały poniesione podczas okupacji jego księstwa. Trwała wojna trzydziestoletnia i już w 1631 r. po bitwie pod Breitenfeld pod naciskiem napierających Szwedów Wilhelm musiał uchodzić ze swego księstwa. W 1634 r., po bitwie pod Nördlingen odzyskał swoje księstwo, przejął władzę także w margrabstwie Badenii-Durlach, które zajmował aż do pokoju westfalskiego. W 1666 r. odzyskał także dawne dobra margrabiów Baden-Baden w okolicach Luksemburga.
Wychowany na dworze habsburskiego namiestnika Niderlandów Albrechta VII Habsburga także potem pozostawał w bliskich kontaktach z władcami z rodu Habsburgów. W okresie 1631–1634 walczył po stronie cesarskiej, był też członkiem tajnej rady cesarza oraz otrzymał inne godności na jego dworze. Ważnym aspektem jego rządów w księstwie były energiczne i skuteczne działania w celu jego rekatolizacji (po kilkudziesięcioletnim okresie rządów protestanckich margrabiów z Durlach). Korzystał przy tym z pomocy przede wszystkim jezuitów i kapucynów. M.in. w 1642 r.