Okabe, przekonany o skuteczności zmieniania przeszłości, spełnia prośby swoich przyjaciół – umożliwia Moece zakaz zmiany numeru telefonu, a Ruce – zmianę płci. Pomimo zmian, Okabe jako jedyny zachowuje wspomnienia z równoległych światów, co według Titora umożliwia mu zdolność zwana „Reading Steiner”. Pomimo zauważalnych zmian w otoczeniu, wynikających z efektu motyla, Rintarō kontynuuje ingerowanie w przeszłość, poprzez uchronienie ojca Faris przed przedwczesną śmiercią. Dzięki podłączeniu do Wielkiego Zderzacza Hadronów ekipie laboratoryjnej udaje się skonstruować wehikuł przeskoku czasowego, umożliwiający nadpisanie pamięci samego siebie w przeszłości. Tymczasem grupa Moeki atakuje laboratorium i zabija Mayushi.
Wobec tych wydarzeń, Okabe usiłuje za wszelką cenę uratować przyjaciółkę, cofając się w przeszłość. Orientuje się jednak, że zapobieżenie jej śmierci jest niemożliwe. Suzuha informuje go, że do uniknięcia śmierci Mayushi, Okabe musi wydostać się ze świata alfa i przekroczyć granicę rozbieżności 1%, dzięki czemu będzie mógł przejść do świata beta. Aby tego dokonać, musi odczynić efekty wszystkich wiadomości, które wcześniej zostały wysłane w przeszłość. Po anulowanie D-maili Faris, Ruki i Moeki, Okabe orientuje się, że musi także anulować pierwszą wiadomość, która zapobiegła śmierci Kurisu.