Ernest Fryderyk zgłosił swoje roszczenia do pozostałych jego ziem, uznając się za jego prawowitego następcę (syna Fortunata, Wilhelma, jako pochodzącego ze związku morganatycznego, uważał za nieuprawnionego do przejęcia dziedzictwa po ojcu).
Polityka religijna Ernesta Fryderyka w przejętych przezeń terytoriach Baden-Baden oraz na terenach pozostałych po bracie Jakubie III spowodowała, że popadł w konflikt z cesarzem Rudolfem II Habsburgiem. Spór ten oznaczał dla Ernesta Fryderyka ogromne wydatki, w związku z czym zastawił on na rzecz książąt Wirtembergii w 1595 r. miasta Besigheim i Mundelsheim; kolejne ustępstwa terytorialne poczynił w zamian za znaczne kwoty pieniężne w 1603 r.
W 1599 r. ogłosił przejście na kalwinizm i rozpoczął reformę religijną swego kraju. Spotkało się to z opozycją w kraju (zwłaszcza, że sukcesorem Ernesta Fryderyka był jego młodszy brat, luteranin), a w Pforzheimie doszło ostatecznie do otwartego powstania przeciwko księciu. Ten, chociaż w ostatnim okresie życia ciężko chorował i popadł w paranoję, wyruszył na wyprawę przeciwko zbuntowanemu miastu, podczas której zmarł wskutek udaru.