Kopuła została zbudowana ponad skrzyżowaniem nawy i transeptu, a dwa skrzydła tego ostatniego były tylko trochę szersze niż kaplice boczne, i miały taką samą głębokość.
12 września 1634 eksplozja w wytwórni prochu spowodowała poważne zniszczenia kościoła i kolegium. Świątynia musiała zostać odbudowana.
Kościół istniejący Kościół, stojący do dzisiaj, powstał w oparciu o plany i projekt wojskowego architekta i inżyniera, zakonnego rezydenta, Francesco Buonamiciego z Lukki; była to pierwsza praca wykonana na Malcie przez architekta o międzynarodowej reputacji. Fasadę cechuje styl barokowy, zaś wewnątrz widać wpływy architektury doryckiej. Plan świątyni naśladuje Il Gesù w Rzymie. Jezuici wyrazili chęć odbudowy kościoła w wersji bogatszej niż poprzednia. Buonamici przekształcił ciemne i ponure wnętrze poprzedniej budowli w jaśniejsze i bogatsze. Prace nad projektem nowej fasady i kopuły oraz odbudową kościoła artysta rozpoczął na początku 1637.