Oburzeni plądrowaniem kościołów i stanąwszy przed bezprecedensowym w historii Malty kryzysem finansowym, spowodowanym odpływem do rąk okupanta większości gotówki, 2 września 1798 roku Maltańczycy wystąpili przeciwko francuskiemu garnizonowi w Mdinie. W krótkim czasie powstanie objęło obie wyspy, a Maltańczycy sformowali National Assembly. Siły francuskie wycofały się do ufortyfikowanych miast wokół Grand Harbour, a Maltańczycy zaczęli ubiegać się o pomoc u króla Ferdynanda oraz Brytyjczyków.
Podczas oblężenia miast setki mieszkańców umarło z głodu. Niektórzy ludzie z oblężonych miast zdecydowali narazić swoje życie w celu poprawienia sytuacji. Przewodził im ksiądz Xerri. Zaplanowali oni zaatakowanie francuskich sił w Valletcie i Three Cities, lecz ci odkryli plany spisku. Między 49 spiskowcami, zatrzymanych do śledztwa, był ksiądz Mikiel Xerri.