28 sierpnia 1939 zmobilizowany do Wojska Polskiego. W czasie kampanii wrześniowej, po agresji ZSRR na Polskę, w nieznanych okolicznościach wzięty do niewoli radzieckiej. Osadzono go w obozie jenieckim w Kozielsku, skąd wysłał do rodziny list, który dotarł w grudniu 1939. Między 11 a 12 kwietnia 1940 przekazano go do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 022/2 z 9 kwietnia 1940. Został zamordowany między 13 a 14 kwietnia 1940 przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 w lesie katyńskim i tam pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zostało odnalezione w toku ekshumacji prowadzonych pod nadzorem Niemców, jednak w raportach dziennych sporządzanych w tym czasie i na liście AM, numer 881 pominięto. W 1944 jego żona rozpoznała rzeczy osobiste męża w Instytucie Medycyny Sądowej w Krakowie. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 0881 – dosł. określony jako Borgowicz Alojzy, a przy zwłokach znaleziono: medal, list, okulary oraz cygarniczkę.