W 1391 roku, parafia San Giovanni Elemosinario została podporządkowana kapitule katedralnej San Pietro di Castello, by w 1487 roku znaleźć się pod jurysdykcją doży, potwierdzoną w roku następnym przywilejem papieża Innocentego III. W II połowie XVI wieku zwierzchnictwo nad parafią przejął patriarcha Wenecji. W następstwie dekretów napoleońskich Królestwa Włoch z 1807 roku parafia przy kościele została zniesiona, a sam kościół znalazł się w 1808 roku w obrębie parafii San Silvestro I Papa zyskując status kościoła filialnego.
Architektura Kościół San Giovanni Elemosinaro jest położony przy zaułku Ruga Rialto. Wejście do niego znajduje się od strony kanału. Jest wykwintnym przykładem architektury renesansowej. Został całkowicie wtopiony w gęstą zabudowę, tak, że jego sylwetka jest trudna do wyodrębnienia. Takie rozwiązanie mogło mieć dwojakie uzasadnienie: z jednej strony podyktowane było dążeniem do zachowania jednolitości zabudowy całego kwartału, a z drugiej – potrzebą duchowieństwa posiadania własnych nieruchomości w pobliżu kościoła, które można by wynająć jako obiekty handlowe. Podobnie jak w przypadku kościoła San Salvador czy zwłaszcza bazyliki św. Marka przy budowie kościoła posłużono się schematem świątyń bizantyńskich.