22 października 1663 biskup Tomasz Oborski, sufragan krakowski uroczyście poświęcił świątynię w Łoniowie razem z trzema ołtarzami.
Wnętrze Obecnie świątynia posiada pięć ołtarzy drewnianych: wielki z obrazem św. Mikołaja Biskupa Patrona świątyni, na górze znajduje się obraz Matki Bożej Bolesnej, boczny jest poświęcony św. Janowi Nepomucenowi, boczny jest poświęcony św. Józefowi. W kaplicy prawej jest umieszczony obraz Matki Bożej Szkaplerznej, w kaplicy bocznej po lewej stronie jest umieszczony obraz św. Franciszka Ksawerego. Pod chórem są umieszczone stalle z obrazami dwunastu Apostołów, pochodzące z 1754. Na zewnątrz świątyni na ścianie kaplicy św. Franciszka Ksawerego jest umieszczony w niszy pomnik, przedstawiający trumnę, a przy niej kobietę. Jest to pomnik Zofii z Rozmiszewskich hrabiny Moszyńskiej, małżonki Ignacego Hilarego zmarłego w 1812. Obok znajdują się inne płyty, także w świątyni jest umieszczonych kilka płyt nagrobkowych, najstarsza pochodzi z 1672. W 1959 dzięki staraniom księdza Stanisława Wrony oraz ofiarom parafian i Polonii Amerykańskiej świątynia została gruntownie wyremontowana i otrzymała nową polichromię. W 1982 kupiono do świątyni nowe organy. W 1988 przeprowadzono konserwację głównego ołtarza razem z obrazami św. Mikołaja i Matki Bożej Bolesnej.