Po zakończeniu wojny na froncie wschodnim powrócił do Polski, gdzie 10 marca 1919 został powołany do Wojska Polskiego. Zweryfikowany w stopniu kapitana rezerwy lekarza w Korpusie Oficerów Sanitarnych ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919, w czasie wojny polsko-bolszewickiej służył m.in. jako lekarz naczelny 2 pułku piechoty Legionów i 3 pułku piechoty Legionów. Przez pewien czas szefował także szpitalowi polowemu nr 103 przy 2 Dywizji Piechoty Legionów oraz był dowódcą kompanii sanitarnej w tej dywizji. W marcu 1921, w toku demobilizacji Wojska Polskiego, Chorążycki został wycofany ze służby liniowej i objął stanowisko ordynatora oddziału otolaryngologicznego 3 Szpitala Okręgowego w Grodnie. Zdemobilizowany w maju 1922, pozostał przypisany do 1 Szpitala Okręgowego w Warszawie jako rezerwista. W 1923, 1924 był oficerem rezerwowym warszawskiego 1 batalionu sanitarnego. W 1934 pozostawał w grupie oficerów rezerwy – lekarzy przydzielonych do kadry zapasowej 1 Szpitala Okręgowego w Warszawie.