Od 1 lipca 1938 pracował w ambulatorium Ubezpieczalni Społecznej, a równolegle prowadził także własną praktykę.
Nie jest jasne, czy po wybuchu II wojny światowej Julian Chorążycki został ponownie zmobilizowany, jednak autorka najpełniejszego biogramu lekarza, Agnieszka Haska, uważa to za prawdopodobne. Nie dostał się do niewoli, bowiem z zachowanych dokumentów wynika, że w 1940 mieszkał w swoim warszawskim mieszkaniu, pod własnym nazwiskiem, i był jednym z płatników kontrybucji nałożonej przez okupanta na wszystkich lekarzy zrzeszonych w Izbie Lekarskiej. W kwestionariuszu z września tego roku wpisał, że jest lekarzem wolontariuszem w Służbie Zdrowia miasta Warszawy.
Treblinka Pod koniec roku przeniósł się do getta warszawskiego, na ul. Nowolipki 54 m. 4. Tam kontynuował praktykę lekarską. Z getta został wywieziony do obozu zagłady w Treblince, być może w toku tzw. Wielkiej Akcji latem 1942, choć niektóre powojenne relacje sugerują termin po październiku 1942.