W styczniu 2010 Bocanegra został graczem niżej notowanego Atlético Huila z miasta Neiva. Tam trener Guillermo Berrío przekwalifikował go na pozycję bocznego obrońcy i okazało się to trafionym pomysłem – zawodnik od razu zaczął odgrywać wiodącą rolę w zespole i premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej zdobył 16 maja 2010 w wygranej 3:0 konfrontacji ze swoim poprzednim klubem – Santa Fe. Po upływie roku udał się na półroczne wypożyczenie do swojego macierzystego, drugoligowego Academia FC, po czym powrócił do Huili i spędził w niej jeszcze rok, nie odnosząc jednak większych sukcesów zespołowych. W lipcu 2012 zasilił ekipę Independiente Medellín, z którą już w jesiennym sezonie Finalización 2012 zdobył tytuł wicemistrza Kolumbii, a ogółem jej barwy reprezentował przez rok w roli podstawowego defensora.
W lipcu 2013 Bocanegra zasilił krajowego giganta, lokalnego rywala Independiente i ówczesnego mistrza kraju – drużynę Atlético Nacional. Tam z miejsca stał się ważnym graczem w taktyce szkoleniowca Juana Carlosa Osorio, w sezonie Finalización 2013 zdobywając pierwsze w swojej karierze mistrzostwo Kolumbii. Dołożył do tego również triumf w Copa Colombia, kompletując tym samym z Nacional krajowy dublet.