W sierpniu 1939 ze względu na zły stan zdrowia nie został objęty mobilizacją i pozostał w Warszawie. Tuż po kapitulacji miasta był współzałożycielem niezależnej od ZHP konspiracyjnej organizacji harcerskiej „Wigry” (późniejszego Batalionu Harcerskiego Wigry). Powierzono mu sprawy programowe i ideologiczne. Na przełomie 1939 i 1940 z ramienia „Wigier” uczestniczył w rozmowach z Komendą Chorągwi Warszawskiej ZHP o zjednoczeniu ruchu harcerskiego, początkowo bezowocnych – do połączenia doszło dopiero w 1943.
O świcie 19 września 1940 został aresztowany przez Niemców podczas obławy we własnym domu na terenie Kolonii Staszica. Osadzono go w koszarach przy ul. Szwoleżerów. Dwa dni później został wysłany transportem do obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie nadano mu numer obozowy 5263. Pomimo wielokrotnych starań nie zdołano go uwolnić. W obozie pracował w komandzie budującym komory gazowe.