Przewodniczącego Komisji powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów.
Zadania Według informacji podanej przez Ministerstwo Sprawiedliwości „Zadaniem Komisji jest usuwanie skutków prawnych decyzji reprywatyzacyjnych dotyczących nieruchomości warszawskich, wydanych z naruszeniem prawa. Ponadto Komisja może występować do właściwych organów w razie stwierdzenia w toku postępowania przed Komisją okoliczności sprzyjających wydawaniu decyzji reprywatyzacyjnych z naruszeniem prawa lub popełnianiu przestępstw bądź okolicznościach utrudniających ich ujawnianie”.
Działalność Siedziba Komisji mieści się w budynku Ministerstwa Sprawiedliwości w Warszawie przy Al. Ujazdowskich 11. Tam też odbywały się rozprawy przez pierwszych sześć miesięcy. Później, ze względów na potrzeby lokalowe, rozprawy odbywały się w budynku Prokuratury Krajowej przy ul. Rakowieckiej 26/30.
Za merytoryczną obsługę Komisji odpowiedzialny jest Departament Prawa Administracyjnego Ministerstwa Sprawiedliwości.