Podobnie jak wielu innych wykonawców akcji T4 został przeniesiony do okupowanej Polski, aby wziąć udział w eksterminacji Żydów. Przyznano mu także stopień SS-Unterscharführera. We wrześniu 1942 roku został skierowany na dwutygodniowe szkolenie do obozu SS w Trawnikach. Od października tegoż roku był członkiem załogi obozu zagłady w Treblince. Służył w tzw. górnym obozie, czyli w strefie zagłady, w której znajdowały się komory gazowe i masowe groby. Nadzorował wyciąganie zwłok z komór gazowych, ich grzebanie w masowych grobach, a w późniejszym okresie – ich kremację. Ocalali więźniowie zapamiętali go jako „przyzwoitego człowieka, który nigdy nikogo nie skrzywdził”, aczkolwiek Abraham Goldfarb twierdził, iż był świadkiem, jak Horn strzałem z pistoletu dobił Żydówkę, która przeżyła gazowanie.
We wrześniu 1943 roku zasymulował chorobę i dzięki temu uzyskał skierowanie na przedłużony urlop do Arnsdorf. W styczniu 1944 roku otrzymał przeniesienie do Einsatz R, czyli specjalnej jednostki policji operującej w okolicach Triestu, złożonej niemal wyłącznie z weteranów akcji „Reinhardt”. Po pewnym czasie odmówił pełnienia służby, w konsekwencji czego został odesłany do Arnsdorf, a następnie karnie wcielony do jednostki Landwehry (grudzień 1944).