W latach 1989-1993 pełnił funkcję doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego w administracji George’a H.W. Busha (jest pierwszą osobą w historii nominowaną na to stanowisko przez dwóch różnych prezydentów), w czasie jego urzędowania Stany Zjednoczone dokonały inwazji na Panamę oraz prowadziły działania zbrojne w I wojnie w Zatoce Perskiej, z kolei w Europie miały miejsce tzw. Jesień Ludów, symboliczne zburzenie muru berlińskiego i ostatecznie upadek Związku Radzieckiego. W 1991 Scowcroft został odznaczony Prezydenckim Medalem Wolności (najwyższym odznaczeniem cywilnym w USA).
Działalność po 1993 W czasie pierwszej kadencji prezydenta George’a W. Busha (2001-2005) przewodniczył Prezydenckiej Radzie ds. Wywiadu. Poparł inwazję na Afganistan w 2001 jako „bezpośrednią odpowiedź” na terroryzm. Był jednak głównym, wśród członków Partii Republikańskiej, krytykiem amerykańskiej polityki zagranicznej wobec reżimu Saddama Husajna w Iraku. Publicznie skrytykował decyzję o interwencji w Iraku w 2003 roku, mimo to, jak stwierdził, wciąż pozostawał „sympatykiem” administracji Busha Jr. Następnie sprzeciwiał się również zbyt pochopnemu wycofaniu wojsk z Iraku – przed ustanowieniem w tym kraju stabilnej władzy – uważając taki ruch za potencjalnie katastrofalny w skutkach dla regionu jak i poza nim..