Poza eksponatami związanymi z inkwizycją, w skład kolekcji muzeum wchodzą również różne drewniane modele zniszczonych obiektów architektonicznych, w tym przedstawienia Birgu przed zniszczeniami bombowymi w czasie II wojny światowej, piekarnia Zakonu w Valletcie przed zburzeniem w latach 30. XX wieku oraz Manderaggio przed przebudową w latach 1950..
Pałac Inkwizytora jest jednym z niewielu pałaców tego typu przetrwałych na świecie, i jedynym otwartym dla publiczności. Wiele obiektów używanych przez Inkwizycję zostało zburzonych podczas i po rewolucji francuskiej, lub popadły w zniszczenie, zostawione na pastwę losu. Letnia rezydencja maltańskiego inkwizytora, Girgenti Palace, również przetrwała i jest teraz letnią rezydencją premiera Malty.
Budynek był umieszczony na Antiquities List of 1925. Dziś jest zabytkiem narodowym klasy 1, i jest umieszczony na liście National Inventory of the Cultural Property of the Maltese Islands.
Architektura budynku thumb|left|Wnętrze pałacu obok głównej klatki schodowej