Szczoteczkę soniczną z pastą należy ustawić pod kątem około 45 stopni do powierzchni zębów, kierując przy tym włókna szczoteczki w stronę dziąseł. Szczoteczki nie powinno dociskać się do zębów zbyt mocno. Należy uruchomić szczoteczkę i przesuwać ją bardzo powoli wzdłuż łuku zębowego, przeznaczając około 30 sekund na jedną ćwiartkę uzębienia. Ułatwia to wbudowany w niemal każdą szczoteczkę timer, który trwa 2 minuty i podzielony jest na 4 mniejsze interwały po 30 sekund.
Zalety i wady Zalety drgania i wibracje pomagają czyścić wewnętrzne i zewnętrzne powierzchnie zębów oraz przestrzenie międzyzębowe najdokładniej jak to tylko możliwe w warunkach domowych; używanie szczoteczki sonicznej skutkuje rozbijaniem i usuwaniem płytki nazębnej, dzięki czemu nie ma konieczności udawania się na zabieg usuwania kamienia w gabinecie stomatologicznym; elastyczność włosia stosowanego do wyrobu główek szczoteczek sonicznych gwarantuje nawet kilkukrotnie większą powierzchnię kontaktu włosia z czyszczoną powierzchnią zębów; myjący ma możliwość wyboru trybu pracy szczoteczki: szczotkowanie, wybielanie, masowanie dziąseł; praca szczoteczki jest dużo cichsza niż w przypadku szczoteczki pulsacyjno-rotacyjnej.