W 2017 roku ponownie został wybrany piłkarzem roku klubu po kolejnym świetnym sezonie.
Celta Vigo 15 lipca 2017 roku dołączył do Celty za kwotę 5 milionów euro, podpisując pięcioletni kontrakt.
3 czerwca 2019 roku przyznał, że po nieudanym sezonie Celty był otwarty na transfer, szukając klubu, który w następnym sezonie będzie grał w europejskich rozgrywkach.
SSC Napoli 15 stycznia 2020 roku za kwotę 24 milionów euro przeszedł do włoskiego SSC Napoli.
26 stycznia 2020 roku Lobotka zadebiutował w lidze przeciwko liderowi tabeli Juventusowi. Wszedł na boisko jako zmiennik Diego Demme, który otrzymał żółtą kartkę w pierwszej połowie. Napoli udało się odnieść sensacyjne zwycięstwo nad faworytami, wygrywając 2:1, po golach Piotra Zielińskiego i Lorenzo Insigne.
Swoje pierwsze ligowe spotkanie w wyjściowym składzie rozegrał w następnej kolejce, w wygranym 4:2 meczu wyjazdowym na Stadio Luigi Ferraris przeciwko Sampdorii.
4 maja 2023 roku wraz ze swoją drużyną po 33 latach sięgnął po mistrzostwo Włoch, uzyskując w tym sezonie 49 występów, zdobywając po jednej bramce i asyście.