Wyrok spędził w więzieniu mokotowskim w Warszawie, aż do zwolnienia w 1953 roku.
Po uwolnieniu z więzienia powrót do pracy w Muzeum Narodowym w Warszawie był dla niego zamknięty. Podjął natomiast współpracę z ówczesnym Państwowym Instytutem Sztuki (PIS) w Warszawie, przekształconym później (1959) w Instytut Sztuki Polskiej Akademii Nauk i z Muzeum Narodowym w Poznaniu. We wspomnianym PIS otrzymał (z inicjatywy ówczesnego jego dyrektora prof. Juliusza Starzyńskiego) zlecenie przygotowania wystawy rysunku polskiego. Została ona otwarta w Muz. Narodowym w Poznaniu w 1954 roku. Jej pokłosiem była wydana później praca J. Sienkiewicza Rysunek Polski od Oświecenia do Młodej Polski (wyd. „Arkady”, Warszawa 1970).
W poznańskim Muzeum Narodowym w latach 1955–1957 pracował w charakterze kustosza Gabinetu Rycin. W 1955 roku został zaangażowany na stałe do PIS w Warszawie początkowo na stanowisku adiunkta, a następnie (1957) kierownika Pracowni Historii Sztuki XIX w. i zastępcy kierownika Zakładu Teorii i Historii Sztuki z tytułem profesora nadzwyczajnego. Pracując tam, zajmował się przede wszystkim twórczością Piotra Michałowskiego. Wynikiem tych studiów była otwarta w 1956 roku wystawa prac Michałowskiego i wydana w 1959 roku nakładem Oficyny Wydawniczej „Auriga” obszerna, bogato ilustrowana praca Piotr Michałowski.