Cały XVII wiek stał pod znakiem transformacji technologii morskiej i towarzyszącej jej modernizacji Arsenału, zwłaszcza jego doków i kanałów, zgodnie z nowymi potrzebami przemysłu okrętowego. W 1667 roku zwodowano pierwszy okręt wojenny typu północnoeuropejskiego. W latach 1684–1745 zmodernizowano nowe stocznie Najnowszego Arsenału oraz podniesiono ich zadaszenia w celu dostosowania ich do budowy nowych, dużych okrętów. Jednocześnie w latach 1686–1692 poszerzono tor wodny prowadzący do Arsenału aby ułatwić dostęp dużym jednostkom. Przebudowano dwie XIII-wieczne wieże. thumb|240px|Canaletto, Widok na wjazd do Arsenału, 1732, kolekcja prywatna Około 1750 roku na wschodnim brzegu kanału Galeazzo zbudowano gmach Squadratori, najbardziej przemyślany projekt na terenie Arsenalu przed wielkimi zmianami, jakich miał on doświadczyć w XIX wieku. W 1778 roku w sąsiedztwie budynku Squadratori zbudowano modelarnię.
Pierwsza okupacja francuska (16 maja 1797 – 17 stycznia 1798) Po podpisaniu 17 października 1797 roku układu pokojowego w Campo Formio pomiędzy Francją a Austrią, Wenecja przypadła tej ostatniej.