Historia Kościół klasztorny został założony około roku 1294 przez augustiańskich pustelników z Sant'Anna w Castello i otrzymał wezwanie świętych: Augustyna i Stefana. Prace budowlane rozpoczęto w 1294 roku, a ukończono w 1325. Na początku XV wieku dokonano znaczącej przebudowy kościoła przedłużając jego prezbiterium ponad kanałem. Te ostatnie roboty nadzorował Gabriele Veneto, augustiański uczony, którego portret namalował Giovanni Bellini i który jest prawdopodobnie skrzypkiem na zagadkowym obrazie Tycjana, Przerwany koncert. W 1743 roku kościół przeszedł kolejną renowację. Według Johna Morrisa miał być rekonsekrowany 6 razy, a to z powodu powtarzającego się rozlewu krwi w jego murach. Pierwsza konsekracja miała miejsce w niedzielę Zesłania Ducha Świętego 1348 roku, gdy Girolamo Bonifazio ranił mnicha Francesca Basadonnę. Kolejne, podobne zdarzenia miały miejsce w latach 1556, 1561, 1567, 1583 i 1594.
W 1785 roku w Santo Stefano odbyły się uroczystości pogrzebowe, zorganizowane po śmierci kompozytora Baldassare Galuppiego.