Zamiast prostej realizacji tzw. poglądowości nauczania, koncepcja Szkoły Laboratorium zakładała tworzenie okazji do samodzielnego przeżywania procesów, zjawisk, obiektów w miejscu ich zaistnienia. Okazje te to na przykład: inscenizacja „Świtezianki” nad jeziorem Świteź, czytanie „Pana Tadeusza” w dworku Mickiewiczów w Nowogródku, inscenizacja taktyki bitwy pod Grunwaldem na polach grunwaldzkich, inscenizowanie scen z młodopolskich opisów Boya-Żeleńskiego, deklamacja fragmentów „Hamleta” w Elsynor czy poznawanie historii zespołu The Beatles na Abbey Road w Londynie.
Ważnym elementem pedagogii źródeł były spotkania z zaproszonymi gośćmi. Byli nimi m.in. prez. Ryszard Kaczorowski, prof. gen. Elżbieta Zawacka, o. Leon Knabit, Jan Pospieszalski, zespół Republika i prawie 100 innych osób.
Dydaktyka szkolna opierała się na nauczaniu w dziesięcioosobowych klasach po około 45 godzin w tygodniu. Nauczano w systemie blokowym: przedmioty wykładane zwyczajowo raz w tygodniu (fizyka, chemia, geografia, historia, biologia) w Szkole Laboratorium były prowadzone przez jeden miesiąc w każdym semestrze po dwie godziny codziennie.