Do końca 2004 ponad 30% nieruchomości w posiadaniu PKP nie było zagospodarowanych.
Nieefektywność zarządzania koleją osiągnęła punkt kulminacyjny zimą 2010, kiedy niezdolność do uzgadniania spójnego rozkładu jazdy między spółkami kolejowymi spowodowała zamieszanie i chaos w całym kraju. W konsekwencji stanowiska stracili wiceminister infrastruktury Juliusz Engelhardt oraz prezes PKP Andrzej Wach, a spółka opublikowała w prasie przeprosiny. Także wcześniej, w 2010, pasażerowie doświadczyli licznych problemów z powodu konfliktu spółek Przewozy Regionalne i PKP PLK.
W lipcu 2011 w wyniku kilkuletnich zaniedbań w konserwacji systemów należących do Energetyki Kolejowej doszło do wielogodzinnej przerwy zasilania, co skutkowało wielogodzinnym paraliżem ruchu pociągów i chaotyczną ewakuacją Dworca Centralnego w Warszawie. 12 sierpnia 2011 miał miejsce wypadek w Babach, a 3 marca 2012 doszło do katastrofy pod Szczekocinami.
W badaniach „Eurobarometr” Komisji Europejskiej, opublikowanych w 2012 roku, usługi kolejowe w Polsce zostały ocenione pozytywnie przez 29% Polaków (średnia unijna 46%), przy czym według ankietowanych polski rynek kolejowy jest niekonkurencyjny i źle zarządzany. Podobne wnioski zawierał opublikowany w 2013 roku raport Instytutu Jagiellońskiego.