Licząc na mecenat króla, Messenius napisał dla niego dzieło Genealogia Sigismundi Tertii (Gdańsk 1608). Król jednak zwlekał z udzieleniem poparcia. Zawiedziony w nadziejach w 1608 powrócił do Szwecji, porzucając jednocześnie katolicyzm i powracając do luteranizmu. Starał się o protekcję króla Karola IX Wazy, publikując utwory, w których zrywał z wiarą katolicką. W 1609 został mianowany profesorem prawa i polityki na Uniwersytecie w Uppsali. Posiadając wiedzę o funkcjonowaniu licznych uczelni europejskich zebraną podczas podróży po Europie, próbował przeprowadzić reformę Uniwersytetu w Uppsali. Intensywnie pracował naukowo, spisywał dzieje Szwecji Szwecji, był. m.in. autorem pierwszego szwedzkiego herbarza. W 1616 roku miały miejsce aresztowania osób, których podejrzewano o współpracę z emigracją. Również Merssenius został oskarżony o związki z polskimi jezuitami i królem Zygmuntem III Wazą i zesłany do FinlandiiRafał Zielonka, Losy studentów Alumnatu Papieskiego w Braniewie w XVI i XVII wieku, Komunikaty Mazursko-Warmińskie Olsztyn 2017 Kwartalnik nr 3 (297).