W 1986 r. skierowany został do Czarnobyla, gdzie dowodził operacją oczyszczenia niebezpiecznych stref elektrowni jądrowej. W 1988 r. dowodził operacją likwidacji skutków trzęsienia ziemi w Armeńskiej SRR. Z zawodowej służby wojskowej odszedł w 1990 r.
Po zakończeniu służby wojskowej poświęcił się pracy naukowej i społecznej. Obecnie (2017 r.) jest m.in. doktorem nauk technicznych, członkiem prezydium Rosyjskiej Akademii Nauk Przyrodniczych, przewodniczącym Rady Koordynacyjnej Prezydenckiego Klubu „Zaufanie”, członkiem Związku Pisarzy Rosji.
Udział w likwidacji skutków katastrofy elektrowni jądrowej w Czarnobylu Generał Nikołaj Tarakanow został skierowany w 1986 r. do Czarnobyla, gdzie przez 3 miesiące pełnił dowództwo nad częścią wojskową operacji likwidacji skutków katastrofy elektrowni jądrowej. Podczas służby w Czarnobylu stworzył centrum naukowe Ministerstwa Obrony ZSRR do spraw badania wpływu promieniowania radioaktywnego we wszystkich skażonych obszarach Rosji, Ukrainy i Białorusi.