W czasie kampanii wrześniowej 1939 ewakuował się z personelem RKU na tereny wschodnie. Po agresji ZSRR na Polskę zatrzymany przez Sowietów w rejonie Tarnopola. Osadzony w obozie jenieckim w Kozielsku. Znajduje się na liście jeńców kozielskiego obozu z 6 grudnia 1939. 22 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD, lista wywózkowa 040/3 z 20 kwietnia 1940. Został zamordowany między 23 a 24 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 4 maja 1943. Znaleziono przy nim: leg. ofic., kartę szczep. 1085 oraz monogram na ubraniu B.J.. Figuruje na liście AMAmtliches Material zum Massenmord von Katyn i Komisji Technicznej PCK pod numerem 909. W Archiwum Robla znajduje się spis przedmiotów znalezionych przy zwłokach.
Życie prywatne Józef Budzik był żonaty z Marią z Sandów (ur. 26 grudnia 1888), nauczycielką, z którą miał czworo dzieci.