Na przełomie XV–XVI wieku Uniejów był dobrze rozwijającym się miastem o charakterze rzemieślniczo-handlowym. Istniało tu kilka cechów, m.in.: cech kuśnierzy, tkaczy, szewców, krawców czy piwowarów. W 1552 roku przedmieście miasta zwane po łacinie Villa templi (pol. Kościelna wieś) miała 16 osad rozciągających się na 16 łanach oraz 2 łany sołtysie. W 1563 roku w mieście pracowało 90 rzemieślników. Uniejów płacił wówczas do skarbca królewskiego 96 florenów szosu.
W 1656 miasto zostało splądrowane przez wojska szwedzkie w czasie potopu szwedzkiego, a także odniosło zniszczenia w 1666 roku w czasie rokoszu Lubomirskiego. W 1704 roku pod Uniejowem obozowała konfederacja wielkopolska. W tym samym roku Uniejów został zdewastowany przez stronników Augusta II. W latach 1632, 1736, 1790 i 1816 miasto ucierpiało również przez pożary, które zniszczyły drewnianą w większości zabudowę.
Do II rozbioru Polski w granicach administracyjnych województwa sieradzkiego. Od 1793 po II rozbiorze Polski miasto znalazło się w zaborze pruskim w granicach Królestwa Prus. W 1807 w granicach Księstwa Warszawskiego, a od 1815 – miasto w granicach Królestwa Polskiego.