9 listopada 1987 Kornel Morawiecki został zatrzymany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa we Wrocławiu. Przetransportowano go do Warszawy i osadzono w areszcie na Rakowieckiej, gdzie przetrzymywany był w całkowitej izolacji. Zaostrzyły się wówczas u niego schorzenia: choroba wrzodowa i zapalenie oka. W ramach odpowiedzialności rodzinnej odmówiono wtedy jego żonie wydania paszportu na wyjazd do Wielkiej Brytanii. W marcu 1988 Zbigniew Romaszewski wystosował w jego sprawie list do Amnesty International w Londynie, ale organizacja ta nie wciągnęła go na listę więźniów sumienia, gdyż stwierdziła, że musi wyjaśnić, czy nie był on związany z działalnością terrorystyczną. Z inicjatywy Konfederacji Polski Niepodległej w USA powstał Komitet na rzecz Uwolnienia Kornela Morawieckiego. Jan Olszewski (który miał być jego obrońcą w planowanym procesie) namówił go do wyjazdu wraz z Andrzejem Kołodziejem do Włoch. Kornel Morawiecki opuścił kraj 30 kwietnia 1988. Po trzech dniach, podczas próby powrotu, został deportowany z lotniska w Warszawie do Wiednia. Udało mu się powrócić konspiracyjnie do Polski pod koniec sierpnia 1988.