Ligota położona jest w całości w dorzeczu Odry, w zlewni Kłodnicy i jej dopływów. Kłodnica ma charakter rzeki podgórskiej o dużej różnicy wysokości i znacznej zmienności przepływu. Rzeka ta przepływa przez tę część Katowic w przebiegu zbliżonym do równoleżnikowego. Klimat Ligoty nie wyróżnia się zbytnio od klimatu dla całych Katowic. Występuje tu klimat umiarkowany przejściowy. Średnia roczna temperatura w wieloleciu 1961–2005 dla stacji w pobliskim Muchowcu wynosi 8,1 °C, a średnia roczna suma opadów dla wielolecia 1951–2005 wynosiła 713,8 mm.
Pierwotnie tereny miejscowości porastały lasy będące częścią historycznej Puszczy Śląskiej. Szata roślinna, podobnie jak i inne elementy środowiska przyrodniczego, zostały silnie przekształcone w wyniku procesów urbanizacyjnych i działalności przemysłowej. Wysokimi walorami przyrodniczo-krajobrazowymi charakteryzuje się zwłaszcza kompleks nieodległych Lasów Panewnickich. Lasy te stanowią jedne z ważniejszych elementów struktury ekologicznej regionu.