W Janowie-Nikiszowcu, w rejonie ul. Stawiska i Krakowskiej znajduje się również fragment Kotliny Mysłowickiej. W rejonie granicy Janowa-Nikiszowca z Szopienicacmi-Burowcem i Zawodziem znajduje się granica między Płaskowyżem Murcek i Kotliną Mysłowicką, będącymi fragmentem Płaskowyżu Katowickiego a Obniżeniem Rawy, będące częścią Płaskowyżu Bytomskiego. Najwyższy punkt Janowa-Nikiszowca to Mrówcza Górka, położona w rejonie ul. Gospodarczej. Dochodzi ona do wysokości 305,7 m n.p.m. Natomiast najniżej położony punkt znajduje się w dolinie Boliny przy granicy z Mysłowicami, wynoszący około 253 m n.p.m.
Rzeźba Janowa-Nikiszowca na skutek gospodarczej działalności człowieka uległa silnym przekształceniom, głównie ze względu na eksploatację surowców, rozwój przemysłu i budowę infrastruktury komunikacyjnej. W Janowie znajdują się m.in. dawne zwałowiska górnicze, zlokalizowane głównie w pobliżu dawnej Kolonii Amandy, a także następują tutaj procesy osiadania, w wyniku których w nieckach wytworzyły się m.in. sztuczne stawy i zastoiska wodne, w tym zastoisko położone na północ od Nowego Nikiszowca czy Staw Trzewiczek.