Pomysłodawcą FSM-u był o. Ryszard Wróbel, a wydarzenie przez wiele lat odbywało się pod hasłem „Z Franciszkiem i Klarą”. W późniejszych edycjach wprowadzono nową tematykę pod nazwą „Projekt Mesjasz”. Na przestrzeni lat Spotkaniom przewodzili kolejno: o. Piotr Reizner (FSM 18–28), o. Marcin Drąg (FSM 29–36), znany z działań na rzecz muzyki liturgicznej, oraz obecnie o. Piotr Kantorski, który objął funkcję w czasie ostatniej mszy podczas 36. edycji.
FSM trwa tydzień i obejmuje codzienne Eucharystie, które celebrują zaproszeni kapłani i zakonnicy. Młodzi uczestniczą także w małych grupach dzielenia, prowadzonych przez animatorów. To przestrzeń do rozmowy, wymiany myśli i refleksji nad treściami dnia – a także możliwość głębszego poznania siebie i innych. Warto zaznaczyć, że ze względu na pandemię COVID-19, 33. i 34. Franciszkańskie Spotkania Młodych odbyły się w formule online. Choć brakowało fizycznej obecności na Kalwarii Pacławskiej, organizatorzy zadbali o duchowe bogactwo tych wydarzeń, transmitując konferencje, modlitwy oraz koncerty przez internet. Dzięki temu FSM dotarł do młodych nawet z najdalszych zakątków Polski i świata.