W dorzeczu Wisły tereny Kostuchny odwadnia Mleczna wraz z jej dopływami. Sama zaś Mleczna nie przepływa przez dzielnicę, tylko część jej lewych dopływów: Rów Graniczny (płynie na wysokości ulicy Dereni), Rów Podleski (płynie na zachód od rejonu ulicy Armii Krajowej na wysokości ulicy Szałwiowej), Rów Malownik wraz z prawym dopływem (źródło ma w pobliżu ulicy T. Boya-Żeleńskiego na wysokości ulicy Sezamkowej, skąd płynie na południe, a za przecięciem torów kolejowych w rejonie ulicy J.N. Jaronia płynie na zachód) oraz Rów Murckowski wraz z dopływem – Rowem Zofią (rów przecina Kostuchnę na wschód od terenów dawnej kopalni „Murcki”).