Gleby w wielu przypadkach straciły swoją wartość użytkową w wyniku ich mechanicznego przekształcenia. Występują procesy niwelacji terenu, zwłaszcza w dolinach rzecznych pod przyszłe inwestycje, w wyniku których niszczone są profile glebowe oraz warstwa próchniczna gleby. Także działalność człowieka doprowadziła do zmian właściwości gleb, a długotrwały rozwój urbanistyczny spowodował wytworzenie w dzielnicy gleb antropogenicznych. Część gruntów podlega skutkom eksploatacji górniczej, a także jest skażona metalami ciężkimi.
Rzeźba terenu mały|lewo|Szczytowa część hałdy w Kostuchnie przy d. kopalni „Murcki”
Kostuchna położona jest na Wyżynie Śląskiej, na Płaskowyżu Bytomsko-Katowickim, będącym częścią mezoregionu Wyżyna Katowicka (341.13).
Pod względem jednostek morfologicznych Kostuchna jest położona prawie w całości na Płaskowyżu Murcek, zaś fragmentarycznie wzdłuż granicy Kostuchny i Tychów w Kotlinie Mlecznej. Na Płaskowyżu Murcek znajdują się najwyżej położone obszary dzielnicy, sięgające powyżej 315 m n.p.m. Obszar ten ciągnie się na północ od ulicy Szarych Szeregów, równolegle do tej ulicy od skrzyżowania z ulicą B. Krupińskiego do ulicy Tymiankowej. Najwyższy naturalny punkt dzielnicy położony jest przy ulicy W. Jordan-Łowińskiej i sięga wysokości 311,97 m n.p.m.