Na Garbie Mikołowskim, który ciągnie się wzdłuż granicy Katowic i Mikołowa, znajduje się najwyższy punkt Zarzecza. Położony jest on w zachodnim skraju dzielnicy na wysokości ulicy P. Stellera i ma wysokość ponad 300 m n.p.m. Teren Zarzecza opada w kierunku wschodnim do ciągnącego się południkowo w rejonie dzielnicy Obniżenia Górnej Mlecznej. W dolinie tej rzeki przy granicy z Podlesiem znajduje się najniżej położony punkt dzielnicy o wysokości poniżej 260 m n.p.m. Zarzecze w centralnej części dzielnicy w rejonie skrzyżowania ulic Kanałowej i Kamieńskiej położone jest na wysokości 264,8 m n.p.m. Różnica wysokości pomiędzy skrajnymi punktami dzielnicy wynosi około 40 metrów.
Wody Tereny Zarzecza położone są w całości dorzeczu Wisły, w zlewni Mlecznej. Rzeka ta przez dzielnicę przepływa od strony Piotrowic-Ochojca, skąd biegnie na południe równolegle do granicy dzielnicy i przy połączeniu z Kaskadnikiem wpływa do Podlesia. Do Mlecznej lewostronnie wpływają: Rów Graniczny i Rów Podleski, zaś prawostronnie Bagnik, Cetnik i Kaskadnik wraz z dopływem. Te dopływy Mlecznej przez teren dzielnicy płyną równoleżnikowo, a Kaskadnik płynący w rejonie Kopanin stanowi także granicę Zarzecza z Podlesiem.