Topoklimat dzielnicy jest zależny od stopnia zalesienia, zurbanizowania, a także od położenia względem dolin rzecznych. Obszar wyżej położony i w dalszej odległości od dolin dwóch głównych rzek przepływających przez Szopienice-Burowiec, tj. obszar w pasie od Burowca do osiedla przy ulicy W. Andersa leży w topoklimacie zabudowanych, wyżej położonych dolin, gdzie notuje się warunki średnio korzystne oraz korzystne. Przy zwartej zabudowie i utwardzonych placach powietrze szybciej się nagrzewa w ciągu dnia, a także przy mniejszej wilgoci szybciej traci ciepło. Obszar bezpośrednio w dolinie Rawy, Brynicy oraz wokół stawów jest obszarem niekorzystnym topoklimatycznie. Z uwagi na częstsze zjawiska wypromieniowania ciepła częściej tam dochodzi m.in. do mgieł i przymrozków. Pozostały obszar ma topoklimat pośredni o warunkach średnio korzystnych – tam zmniejszona ilość wody przeciwdziała utracie ciepła.
Wody powierzchniowe i podziemne thumb|left|Rawa na wysokości ulicy Obrońców Westerplatte (2020)
Obszar Szopienic-Burowca w całości położony jest w dorzeczu Wisły, na terenie zlewni trzech rzek: Brynicy (północno-zachodnia część Burowca, rejon Borek oraz stawów Szopienice-Borki), Rawy (zachodnia i środkowa część dzielnicy) i Boliny (rejon Wilhelmina i Stawisk).