Jakość wód W 2010 r. dokonano oceny stanu wód Wieprzy w dwóch punktach. We wsi Pomiłowo określono II klasę elementów biologicznych, II klasę elementów fizykochemicznych, dobry potencjał ekologiczny, a w punkcie przy moście k. wsi Stary Kraków określono II klasę el. biologicznych, II klasę el. fizykochemicznych, dobry stan ekologicznyII Ocena stanu wód W: Stan środowiska w województwie zachodniopomorskim w roku 2010. WIOŚ Szczecin, 2012-01-04, s. 38.
Według danych Inspekcji Ochrony Środowiska poprzez Wieprzę następuje odpływ metali ciężkich do Morza Bałtyckiego – w ciągu 2012 roku w ilościach: 16,6 ton cynku, 1,8 tony miedzi, 0,6 tony ołowiu, 0,7 tony kadmu oraz 0,5 tony niklu.
Ochrona przyrody Począwszy od okolic wsi Czarnica i ujścia Doszenicy do Wieprzy Skala 1:50 000, aż do początku falochronów portu Darłowo Skala 1:50 000, dolina rzeki objęta jest obszarem mającym znaczenie dla Wspólnoty o nazwie "Dolina Wieprzy i Studnicy" w ramach sieci Natura 2000.