W tym samym czasie powrócił do Konserwatorium Paryskiego, gdzie pobierał lekcje harmonii pod kierunkiem Catela. Następnie został przyjęty do klasy kompozycji w pod kierunkiem François-Josepha Gosseca, studiując w pełnym wymiarze godzin. W latach 1806–1808 pracował w Théâtre de Bordeaux, po czym wrócił do Paryża, zastępując na stanowisku dyrektora Opery Paryskiej Johanna Josepha Kenna, który przeszedł na emeryturę. Stanowisko to piastował do około 1830 roku. W 1811 roku został powołany na członka honorowego kapeli cesarza Napoleona. W 1816 roku został członkiem kapeli króla Ludwika XVIII. 1 kwietnia tego samego roku został profesorem katedry rogu w Konserwatorium Paryskim. Wkrótce po przejściu Frédérica Nicolasa Duvernoya na emeryturę, Dauprat objął stanowisko waltornisty solowego Opery Paryskiej. W 1831 odszedł z opery w związku ze zmienionymi warunkami pracy, jakie wprowadziła jej nowa administracja. W 1833 roku kapelmistrz Ferdinando Paër powołał Dauprata na stanowisko waltornisty basowego w nowym królewskim zespole Ludwika Filipa I. 15 listopada 1842 roku Dauprat odszedł z Konserwatorium Paryskiego na emeryturę.
3 września 1852 roku decyzją prefektury Sekwany uzyskał zezwolenie na pobyt czasowy w Turcji i w Egipcie.