Krytyka thumb|Mapa przedstawiająca państwa, które zablokowały dostęp do Telegramu Model bezpieczeństwa Telegramu spotkał się z poważną krytyką ekspertów w dziedzinie kryptografii. Krytykowali oni trwałe przechowywanie wszystkich kontaktów, wiadomości i multimediów wraz z kluczami deszyfrującymi domyślnie na serwerach komunikatora, a także brak domyślnego szyfrowania typu end-to-end dla wiadomości. Rosyjski przedsiębiorca Pawieł Durow argumentował, że to właśnie dzięki temu można umożliwić użytkownikom dostęp do wiadomości i plików z dowolnego urządzenia. Eksperci w dziedzinie kryptografii skrytykowali ponadto użycie przez firmę Telegram autorskiego protokołu szyfrującego, który nie został sprawdzony jako niezawodny i bezpieczny..
Telegram jest wykorzystywany do rozpowszechniania wiadomości nienawiści oraz nielegalnych działań, takich jak nielegalna pornografia, kontakt między przestępcami i handel nielegalnymi towarami i usługami, takimi jak narkotyki i skradzione dane osobowe.