Wkrótce sama matka Eugenia została wezwana przez Święte Oficjum, które przypomniało i utrzymało w mocy zakaz mówienia o Bogu Ojcu i szerzenia Jego kultu, zabraniając jej „zachowania choćby linijki z tego, co napisała, pod karą ekskomuniki” (we wcześniejszych latach była straszona więzieniem), a nawet „o tym mówić ani spowiednikowi, ani kierownikowi duchowemu”, z którym miała zerwać kontakt (był nim Émile Guerry, wówczas biskup koadiutor archidiecezji Cambrai). Następnie została wezwana przez Kongregację Rozkrzewiania Wiary, która nakazała jej natychmiast podpisać dymisję z funkcji przełożonej generalnej.
Po kilku latach, spowiednik domu zakonnego w Palermo, w którym przebywała, kazał jej spalić kopie orędzi oraz wszystkich innych pism jej autorstwa, które nosiła ze sobą, co uczyniła. W 1952 roku arcybiskup Ernesto Ruffini nakazał jej w ciągu miesiąca opuścić zgromadzenie i założyć inne, planowane przez nią (Unitas Catholica). Później otrzymała dyspensę od ślubów i zapieczętowany list od Świętego Oficjum, który miała wręczyć ordynariuszowi diecezji, w której zamieszka. List ten, jak się okazało, zawierał zakaz utworzenia nowego zgromadzenia.