Pułkownik Graham powrócił teraz do Szkocji, lecz jesienią roku 1797 dołączył do swojego regimentu na Gibraltarze. W roku następnym, pod dowództwem sir Charlesa Stuarta, wziął udział w zdobyciu Minorki, gdzie bardzo się wyróżnił.
Następnie udał się na Sycylię, gdzie król i królowa Neapolu zgotowali mu, za efektywne występowanie w ich imieniu, gorące przyjęcie. W roku 1798 powierzono mu dowództwo operacji na Malcie, która w tym czasie była we władaniu Francji. Z miejscową rangą generała brygady, miał pod swoją komendą 30 oraz 89 Pułk Piechoty, Alexandra Hamiltona jako swojego szefa sztabu oraz kilka korpusów oddanych pod jego bezpośrednie dowództwo.
Ze względu na duże możliwości obronne wyspy, Graham zmuszony został do zastosowania blokady, i po trwającym prawie dwa lata oblężeniu, garnizon pokonany przez głód i choroby, poddał się we wrześniu roku 1800. Przez następne 164 lata wyspa była ważną częścią Imperium Brytyjskiego, aż do uzyskania niepodległości w roku 1964. Służba pułkownika Grahama oceniona została bardzo nisko przez ówczesny rząd brytyjski, który zarezerwował swój patronat i honory dla oficerów, będących członkami partii rządzącej.