Pierwszym towarem eksportowym kolonii było drzewo brazyliowe, a następnie zaczęto uprawiać trzcinę cukrową. Produkcja cukru była najbardziej intensywna od XVI do XVIII wieku, a głównymi regionami uprawy trzciny były stany Pernambuco i Bahia. W drugiej połowie XVI wieku do Brazylii zaczęto sprowadzać niewolników z Afryki, z przeznaczeniem do pracy na plantacjach trzciny cukrowej. Nie ma dokładnych szacunków liczby sprowadzonych w ten sposób Afrykanów, wiele źródeł podaje szacunkową liczbę 4-5 milionów. Niewolnictwo zniesiono ostatecznie w 1888 roku.
Inwazje francuskie i holenderskie W 1612 roku Francuzi podbili część stanu Maranhão i założyli własną kolonię o nazwie Francja Równikowa (França Equinocial). Jej stolicą było miasto São Luís. W 1615 roku Portugalczycy odbili ten region z rąk Francuzów.