Pomiędzy miastami Pirapora a Juazeiro w stanie Bahia, rzeka jest w pełni żeglowna. Wschodnie dorzecza – zbiór dorzeczy mniejszych rzek, które mają swoje źródła w górach na wschodzie regionu i wpadają do Atlantyku. Można tu wymienić rzeki Rio Pardo, Rio Doce i Jequitinhonha w Minas Gerais oraz Paraíba do Sul w stanach São Paulo i Rio de Janeiro.
Historia mały|Pomnik bandeirantes w São Paulo Pierwszymi mieszkańcami regionu byli Indianie. Na początku XVI wieku przybyli tu Portugalczycy i w 1532 założyli pierwszą osadę, São Vicente. Do nowej osady zaczęli przybywać portugalscy osadnicy, a w 1549 dotarli tu także jezuici. W 1565 Mem de Sá założył osadę Rio de Janeiro. Od XVII wieku z Regionu Południowo-Wschodniego, a zwłaszcza z miasta São Paulo, zaczęły wyruszać zbrojne wyprawy w głąb interioru, znane pod nazwą bandeiras. Ich uczestnicy, bandeirantes, eksplorowali wnętrze kraju w poszukiwaniu indiańskich niewolników, a także bogactw naturalnych, głównie szlachetnych kamieni.