Po 17 września 1939 r. dostał się do sowieckiej niewoli. Osadzono go w obozie w Kozielsku. Wiosną 1940 r. został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD i pochowany w katyńskim lesie. Odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi. W czasie prac ekshumacyjnych w 1943 r. jego zwłoki oznaczono numerem 1070.
Jan Nowak był żonaty z Heleną, z którą miał synów Jerzego i Jana.
Upamiętnienie Minister Obrony Narodowej decyzją Nr 439/MON z 5 października 2007 r. awansował go pośmiertnie do stopnia majoraDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 r. w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.