W pracach modernizacyjno-adaptacyjnych wzięli udział pracownicy naukowi muzeum, architekci oraz specjaliści ds. komunikacji społecznej. Ze względu na wielkość i zakres zbiorów podzielono je na różne działy tematyczne. W księgarni przy muzeum można się zaopatrzyć w przewodnik po nim. Publikacja, wydana w języku włoskim i angielskim, jest bogato ilustrowana i zawiera spostrzeżenia i ciekawostki dotyczące eksponatów. Dostępny jest również Audiopen, przewodnik audio po muzeum.
Zbiory Eksponaty muzeum, gromadzone dzięki nabytkom i darowiznom, stanowią obecnie bogatą i zróżnicowaną kolekcję, obejmującą 700 milionów lat historii, 2 miliony znalezisk zoologicznych, entomologicznych i botanicznych, skamieniałości i preparatów anatomicznych oraz kolekcje etnograficzne i bibliotekę z ponad 40 tysiącami tomów.
Parter Galleria dei Cetacei Galeria Cetacei mieści się zachodniej części parteru. W jej zbiorach znajduje się dużych rozmiarów szkielet płetwala zwyczajnego o długości około 20 m oraz szkielet młodego kaszalota, oba podwieszone pod sufitem, na stalowych konstrukcjach. Przeszklony portyk wgłębny, za którym umieszczone są oba duże znaleziska, zapewnia ich optymalną ekspozycję.