Załoga zmagała się w tym czasie z gorączką i dyzenterią (siedmiu członków zmarło, w tym dwóch Polinezyjczyków zabranych z Tahiti). Jednostka pozostała w porcie do 26 grudnia, po czym wyruszyła w rejs na zachód, przez Ocean Indyjski. W dalszej drodze w wyniku chorób zmarły kolejne 23 osoby. 15 marca 1771 roku „Endeavour” przybył do Kapsztadu, gdzie pozostał do 14 kwietnia. 1 maja zatrzymał się na Wyspie Świętej Heleny, by 12 lipca ostatecznie dotrzeć do Anglii.
W lipcu 1772 roku Cook wyruszył w kolejną wyprawę, tym razem na pokładzie .
Późniejsze losy thumb|left|Replika okrętu Wkrótce po zakończeniu pierwszej wyprawy Cooka „Endeavoura” przebudowano na transportowiec wojska w stoczni . Następnie trzykrotnie odbył on podróż na Falklandy. We wrześniu 1774 roku jednostkę wycofano ze służby w Royal Navy, a 7 marca 1775 roku sprzedano. Ponownie w służbie cywilnej statek otrzymał nazwę „Lord Sandwich”.
Wkrótce po wybuchu wojny o niepodległość Stanów Zjednoczonych Royal Navy wyczarterowała jednostkę w celu przewozu wojska do Ameryki, a następnie użytkowała ją jako okręt więzienny, stacjonujący w Newport w Rhode Island.