Doszła do stopnia kapitana, używała pseudonimu Barbara. Żyła wówczas z pieniędzy otrzymywanych od Franciszkanek za ziemię w Laskach i z czynszu z własnej kamienicy przy Nowym Świecie. Podczas powstania warszawskiego pracowała w szpitalu przy ul. Rakowieckiej. Po powstaniu zatrzymała się na plebanii na Okęciu.
Okres powojenny Po wojnie pracowała najpierw na Uniwersytecie Warszawskim jako adiunkt, następnie od 1 października 1946 roku jako docent i od 21 października 1947 jako profesor tytularny. W 1945 roku została kierownikiem Sekcji Reumatologicznej, powołanej przez Państwową Radę Zdrowia. Rada ta działała przy Ministrze Zdrowia. W tym czasie zaczęły powstawać poradnie reumatologiczne. Pierwsza poradnia reumatologiczna w Warszawie została utworzona przez Eleonorę Reicher około 1945 roku przy ul. Wiejskiej. Później poradnia znajdowała się w jej mieszkaniu przy ul. Polnej 40 i stała się zaczątkiem Państwowego Instytutu Reumatologicznego. Instytut powstał 1 stycznia 1948 roku i Eleonora Reicher została jego pierwszym dyrektorem. W 1951 roku Instytut zmienił nazwę na Instytut Reumatologii.