Osiem lat po śmierci Carla Buonaparte w 1785 roku rodzina weszła w konflikt z przywódcą korsykańskich nacjonalistów Pasquale Paolim, przez co była zmuszona opuścić wyspę i zamieszkać we Francji. Poplecznicy Paolego złupili i spalili część domu. Po przybyciu admirała Samuela Hooda także brytyjscy oficerowie zostali tam zakwaterowani. Zgodnie z legendą Hudson Lowe mieszkał tam krótko, jednakże nie wiadomo, czy ta informacja jest zgodna z prawdą.
Po wycofaniu się wojsk brytyjskich z Korsyki w 1797 roku rodzina Bonaparte na powrót zamieszkała w Casa Buonaparte i rozpoczęła naprawiać oraz przebudowywać dom dzięki funduszom udzielonym przez Dyrektoriat.
Kiedy rodzina Bonaparte znów opuściła Korsykę w 1799 roku, dom znalazł się pod opieką mamki Napoleona, Camilli Ilari. Napoleon później zapisał dom kuzynowi swojej matki, André Ramolino, który w zamian oddał swój własny dom Camilli. W okresie późniejszym najpierw Maria, a następnie Józef objęli dom w posiadanie. W 1852 roku córka Józefa Zénaïde przekazała Casa Buonaparte Napoleonowi III i cesarzowej Eugenii.